mkvtoolnix kann nur in die mkv reinmuxen, also nix reencoden oder hardcoden.
Dafür nimmst am einfachsten handbrake:
https://handbrake.fr/
Sei dir aber im Klaren, dass durch das recoden deutlich Bildquali verloren geht.
mkvtoolnix kann natürlich hardcoded subs erstellen.
ich denke ihr seht die definition von "hardcoded"anders als üblich.
"hardcoded" sind subs dann, wenn sie beim abspielen nicht ausgeblendet werden können!! das und nur das ist die einzig richtige definition von "hardcoded".
und das kann das mkvtoolnix.
keine ahnung welche version das nicht können soll. ich benutze mkvtoolnix schon ewig so, dass es HC subs kann.
lg