Eigentlich ist es eine Glaubensfrage. Man kann noch so perfekte Kontinuitäten genauso als nachträgliche Wiederaufnahme früherer Ereignisse erklären wie auch als Indiz für einen immer schon vorhandenen Masterplan. Ich glaube, dass es einen Masterplan mit Beginn der eigentlichen Serie (also vielleicht erst nach dem Piloten) gab. Ich stelle mir diesen Plan als grobe Skizze vor, die aber die wesentlichen Elemente der gesamten Serie bereits umfasste.
Mein Lieblingsindiz für diese These ist eine Szene ganz zu Anfang der ersten regulären Folge nach dem Pilotfilm (Tabula Rasa).
Walt fragt Locke: Was ist das für ein Spiel, Dame?
Locke: Eigentlich nicht. Es ist besser als Dame. Zwei Spieler. Einer ist hell. Einer ist dunkel. Walt, willst du ein Geheimnis wissen?
Während er diese Worte spricht hält Locke einen schwarzen und einen weißen Backgammonspielstein hoch. Sein Gesicht wirkt zweigeteilt, die linke Gesichtshälfte ist unversehrt, die rechte durch lange Wunden im Gesicht entstellt.
Wenn der weiße Locke zum Serienauftakt dem dunkelhäutigen Walt von zwei Spielern - einem hellen und einem dunklen - erzählt, die einen Kampf austragen, und fünf Staffeln später stellt sich heraus, dass das gesamte Geschehen aus der Insel letztlich auf einem Konflikt zwischen zwei Personen basiert, einem hell gekleideten Guten und einem dunkel gekleideten Bösen und Locke sich selbst als entscheidende Spielfigur (!) in diesem Konflikt erweist, dann fällte es mir schwer an Zufall zu glauben. Noch weniger dürfte ein Autor die beiden auf Grund dieser Szene später erfunden haben.
Deshalb: Die Grundidee von Jacob und Gegenspieler war m.E. von Anfang an vorhanden. Aber die konkrete Ausgestaltung ist sicher erst mit der Zeit entstanden und hier finden sich dann auch Fehler in der Kontinuität: So ist in der fünften Staffel immer davon der Rede, dass Locke der erste sei Tote sei, der wiederauferstanden ist. Wenn ich mich recht erinnere, dann gab es diesen Russen Michael oder so in der dritten Staffel, der mehrfach tot war und dann doch wieder lebendig.
EDIT: Zu den Skeleten: Es könnte sich um Rose und Bernard handeln, die in der Vergangeheit geblieben sind und sich vielleicht dort zum sterben gelegt haben. Siehe auch:
http://de.lostpedia.wikia.com/wiki/Adam_und_Eva