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die kommt doch von allein, mit der zeit.

Was heisst hier Logik?
Steckt die nicht in den Schleifen, Funktionen, Abfragen und logischen Verknüpfungen, die du erwähnt hast?
Was noch fehlt, sind Vokabular und Syntax der jeweiligen Programmiersprache und das notwendige Wissen um die vorhandenen Funktionen, Bibliotheken usw.. Das kann man aber nur durch Auswendiglernen erlangen.
Wie man ein Programm scheibt, also die Logik der Arbeitsschritte, wäre übrigens auch nicht unwichtig. Also erst auf dem Papier ein Ziel definieren, überlegen und skizzieren, wie die betreffende Sprache das am Besten lösen kann und dann erst mit der eigentlichen Programmiererei anfangen, und zwar Baustein für Baustein, kommentieren, kompilieren usw..
Das ist auch nicht angeboren und sollte vermittelt werden.
Und immer schön mit Beispielen arbeiten, denn wenn du zu theoretisch anfängst, langweilen sich die meisten Leute.

Top-Down Verfahren!

Programm zunächst ohne Befehle schreiben, nur mit Wörtern, was wann wo geschehen soll